Ngay cái tên gọi kỳ thi sau Trung học phổ thông đã có cái gì đó không ổn. Một trong hai mục đích của kỳ thi này là kiểm tra để cấp bằng tốt nghiệp Trung học phổ thông. Một học sinh đã học xong lớp 12, nhưng chưa dự kỳ thi đó thì không thể xem là đã hoàn thành bậc Trung học phổ thông. Như vậy kỳ thi đó dành cho các học sinh chưa tốt nghiệp bậc Trung học phổ thông thì làm sao có thể gọi nó là "kỳ thi sau Trung học phổ thông" được? Chúng ta có bậc "sau đại học" và các kỳ thi tuyển "sau đại học" thì nó chỉ dành cho những thí sinh đã có bằng đại học mà thôi. Rõ ràng các tác giả của dự án đã có phần lúng túng khi tìm cho kỳ thi "hai trong một" một cái tên gọi “chính danh". Có lẽ muốn chính danh thì đành phải gọi một cách dài dòng là "kỳ thi tốt nghiệp Phổ thông trung học và tuyển sinh Đại học, Cao đẳng" hoặc gọn hơn là "kỳ thi tốt nghiệp Trung học phổ thông và hơn thế nữa".
Về nguyên tắc, nếu hai kỳ thi có mục tiêu khác hẳn nhau thì không nên và không thể nhập làm một. Thi tốt nghiệp là nhằm kiểm tra xem các thí sinh có đạt được yêu cầu tối thiểu đã đề ra cho một khoá học, một đợt học, một đợt tập huấn... hay không? Nếu đạt thì cấp bằng tốt nghiệp hoặc chứng chỉ mãn khoá. Trong lúc đó, kỳ thi tuyển là nhằm lựa chọn trong các thí sinh những người có năng lực hơn người khác về những mặt nào đó để tiếp tục học tập hoặc làm việc theo những định hướng nhất định Có bằng tốt nghiệp Đại học rồi, nhưng muốn có việc làm thì phải qua một kỳ thi tuyển công chức, mà kì thi tuyển công chức này không thể kết hợp với kỳ thi khoảng 20% - 25% thí sinh vào Đại học hoặc Cao đẳng mà thôi. Như vậy thì mức độ khó dễ của các đề thi là rất khác nhau, tuy vẫn chỉ nằm trong phạm vi kiến thức của chương trình phổ thông. Về mặt kỹ thuật và học thuật, khó lòng tìm ra được một đề thi chung cho cả hai mức độ như vậy.
Mục tiêu quan trọng của mọi kỳ thi là làm thế nào để đạt được "độ tin cậy" cao, có nghĩa là chỉ có người xứng đáng mới được lựa chọn, không có người "trượt oan" và cũng không có người "đậu oan". Điều đó phụ thuộc vào mọi công đoạn của kỳ thi, từ việc ra đề cho phù hợp, bảo mật đề, tổ chức coi thi, chấm thi...
Thực tế trong suốt bao nhiêu năm qua cho thấy, kỳ thi tốt nghiệp Trung học phổ thông có độ tin cậy ít hơn nhiều so với kỳ thi Đại học và Cao đẳng, đặc biệt là ở khâu coi thi và chấm thi. Chúng ta đã biết những tiêu cực trong các kỳ thi tốt nghiệp hầu như là phổ biến và nghiêm trọng. Còn ở các kỳ thi Đại học và Cao đẳng thì ít hơn. Một trong các nguyên nhân phải kể đến là địa điểm thi: thi tốt nghiệp Trung học phổ thông được tổ chức ở địa phương sở tại ở xã, ở huyện... khắp trên toàn quốc, còn thi Đại học thì chỉ ở thành phố lớn. Như vậy, khi nhập hai kỳ thi làm một và được tổ chức ở địa phương chứ không phải ở các thành phố lớn thì ta có thể hy vọng gì? Tiêu cực sẽ ít hơn hay sẽ tăng lên? Câu trả lời đã rõ... Nhiều phụ huynh ở nông thôn rất lo lắng, họ nói rằng thi như vậy thì "con ông cháu cha" sẽ vào Đại học hết, còn con cái họ thì... gay go!
Người ta biện giải rằng, chúng ta đang có cuộc vận động chống gian lận trong thi cử, và do đó hy vọng đến năm 2008 hoặc 2009 các kỳ thi dẫu được tổ chức ở địa phương vẫn bảo đảm tính nghiêm túc, và do đó vẫn đạt được độ tin cậy cao. Hy vọng đó rất trong sáng, nhưng rất có thể chỉ vẫn là hy vọng... thực tế vừa qua chứng tỏ rằng, chúng ta mới chỉ "nói không..." với gian lận mà thôi, còn làm thì quá im ắng. Chuyện tiêu cực trong các kỳ thi sợ rằng còn lâu mới hết...
Cho dù kỳ thi "hai trong một" được tổ chức một cách nghiêm túc, không tiêu cực, thì độ tin cậy vẫn là vấn đề cần đặt ra, khi chúng ta quyết đinh dùng hình thức thi trắc nghiệm.
Giả sử một trường Đại học A nào đó (trường Đại học Ngoại ngữ chẳng hạn) cần tuyển những học sinh khá một ngoại ngữ, họ rất muốn kiểm tra xem kĩ năng nghe, nói, viết, đọc của thí sinh đó như thế nào. Trong trường hợp đó, hình thức thi vấn đáp là tốt nhất và đáng tin cậy nhất. Nhưng vì điều kiện khó khăn nên trước đây đành phải chấp nhận ra đề thi tự luận. Bây giờ thì sao? Không vấn đáp đã đành, mà tự luận cũng không nốt, chỉ duy nhất một bài trắc nghiệm khách quan mà thôi. Các thí sinh có bài trắc nghiệm tiếng Anh đạt điểm cao, thậm chí là điểm tuyệt đối thì ngoài cái tài "bôi đen" vào các ô tròn ra, ta có thể nói gì thêm về các kỹ năng khác của họ?
Có thể chấp nhận bài thi tốt nghiệp theo kiểu trắc nghiệm, nhưng bài thi tuyển chọn thì hoàn toàn không nên. Có người nói rằng, ở các nước, người ta đã nhập hai kỳ thi làm một từ lâu rồi, mà không hề gây ra rắc rối gì cả. Thực ra không phải như thế. Trước hết, bất kỳ nước nào cũng tổ chức các kỳ thi tốt nghiệp Trung học phổ thông để học sinh lấy bằng Tú tài. Còn có kỳ thi vào Đại học hay không là tuỳ. Nước nào mà số học sinh được nhận vào Đại học đông (Anh, Pháp, Úc, nhiều bang ở Mỹ...), thì người ta không cần thi. Ai có bằng Tú tài là có thể ghi tên vào các trường Đại học (trừ một số ít trường ngoại lệ). Còn ở những nước mà tỉ lệ vào ĐH thấp như ở nước ta thì chắc chắn là phải có kỳ thi tuyển vào Đại học. Trung Quốc cũng tổ chức thi tốt nghiệp Trung học phổ thông, song rất gọn nhẹ. Học sinh có đủ chứng chỉ của 12 môn học là được cấp bằng tốt nghiệp, các chứng chỉ đó được cấp từ lớp 10 cho đến lớp 12, mỗi khi môn học kết thúc. Kỳ thi tuyển sinh Đại học là kỳ thi quốc gia, họ cũng tổ chức giống như ta hiện nay.
Các tác giả của dự án "hai trong một" có một động cơ rất tốt đẹp: đó là lòng mong muốn tiết kiệm tiền của cho Nhà nước và cho nhân dân. Nhưng có lẽ họ chưa tính toán đến cái giá phải trả (có thể rất cao) cho việc tiết kiệm đó. Nếu cuộc thi không đạt được sự tin cậy, để lọt rất nhiều người "đậu oan" thì sự lãng phí trong việc đào tạo cho những người như vậy là rất lớn. Chúng ta đang nói nhiều về việc học sinh "ngồi nhầm lớp". Điều đó quá tai hại, nhưng chưa tai hại bằng sinh viên "ngồi nhầm lớp", vì rằng, sau khi ra trường họ sẽ góp phần làm đông thêm đội ngũ những người "ngồi nhầm ghế" trong xã hội, nhất là những người ngồi nhầm ghế ở cương vị lãnh đạo, quản lý.