Cinderella là phần mềm bắt nguồn từ một cuộc dạo chơi của một nhóm các nhà toán học trên chiếc thuyền buồm có tên Cinderella (tên của một công chúa trong truyện Cổ tích phương Tây) từ năm 1992. Sau một thời gian chuẩn bị, năm 1996 dự án Cinderella chính thức bắt đầu tại trường Đại học Kỹ thuật Berlin do hai nhà toán học Ulli Kortenkamp và Jürgen Richter-Gebert lãnh đạo. Đến năm 1998, cả hai nhà toán học chủ trì đề tài đều chuyển sang trường Đại học Zurich và dự án Cinderella cũng được chuyển sang đó. Phiên bản đầu tiên của Cinderella ra đời vào thời kỳ này.
Cinderella không phải là phần mềm miễn phí. Phiên bản mới nhất của phần mềm này là 2.0 hiện đang được bán với giá khoảng 70$ / License. Tuy nhiên gần đây nhóm tác giả phần mềm đã đưa ra miễn phí phiên bản Cinderella 1.4.